雖然廣東醫(yī)科大學(xué)是廣東省屬重點(diǎn)建設(shè)大學(xué),而廣州醫(yī)科大學(xué)是廣州市屬重點(diǎn)大學(xué)，但綜合比較廣州醫(yī)科大學(xué)實(shí)力更強(qiáng)。

從歷史沿革看，兩所大學(xué)均創(chuàng)建于1958年，廣東醫(yī)科大學(xué)前身是湛江醫(yī)學(xué)院，1992年更名為廣東醫(yī)學(xué)院。廣州醫(yī)科大學(xué)原名廣州醫(yī)學(xué)院，2013年經(jīng)教育部批準(zhǔn)更名為廣州醫(yī)科大學(xué)。

從地理位置看，廣東醫(yī)科大學(xué)由湛江校區(qū)和東莞校區(qū)兩部分組成，湛江和東莞均為地級(jí)市。廣州醫(yī)科大學(xué)有番禺、越秀兩個(gè)校區(qū)，處于一線城市廣州核心區(qū)域。

從辦學(xué)規(guī)模、層次和水平看，廣東醫(yī)科大學(xué)開辦普通本科專業(yè)25個(gè)；有教職工近1900人，而廣州醫(yī)科大學(xué)除設(shè)22個(gè)學(xué)院外，還有7所直屬醫(yī)院和11所非直屬附屬醫(yī)院，有教職工7500人。雖然兩所大學(xué)均有博士、碩士學(xué)位授予權(quán)，但廣州醫(yī)科大學(xué)有5個(gè)學(xué)科進(jìn)入ESI排名全球前1%；有2個(gè)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，8個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)。

作為醫(yī)科大學(xué)，臨床實(shí)習(xí)是非常重要的教學(xué)內(nèi)容，需要一些高水平醫(yī)院的協(xié)作支撐，廣州醫(yī)科大學(xué)在這方面無疑具有得天獨(dú)厚的優(yōu)勢(shì)。結(jié)合全國(guó)醫(yī)科類大學(xué)排名，廣州醫(yī)科大學(xué)為4星級(jí)中國(guó)高水平大學(xué)，排第16位，廣東醫(yī)科大學(xué)為2星級(jí)區(qū)域高水平大學(xué)，排第49位。

近年高考錄取分?jǐn)?shù)也可說明：廣東醫(yī)科大學(xué)廣東、江西、安徽3省2019年、2020年一本最低錄取分?jǐn)?shù)分別為472、500，572、587，565、596；而廣州醫(yī)科大學(xué)三個(gè)省2019年、2020年最低錄取分?jǐn)?shù)分別為519、539，590、600，577、606。多數(shù)省份廣州醫(yī)科大學(xué)錄取分?jǐn)?shù)高于廣東醫(yī)科大學(xué)。